I parlamentets omröstning på måndagskvällen röstade 80 av de 133 närvarande ledamöterna för regeringens förslag att tvisten ska lösas genom internationell medling. Åtta ledamöter röstade nej, 45 avstod och 20 var frånvarande.
Under debatten hävdade medlemmar av oppositionen att lösningen på konflikten kan komma att skada Kroatiens intressen.
Katolska kyrkan har anklagat regeringen för att "leka ansvarslöst med nationellt territorium" i utbyte mot en EU-plats.

Omstridd landremsa på halvö

Under tio månader blockerade Slovenien Kroatiens medlemskapsförhandlingar. Först i oktober i år kunde förhandlingarna återupptas, sedan de båda ländernas regeringar enats om att föra ärendet vidare till en medlingstribunal.
Även i Slovenien är oppositionen missnöjd med uppgörelsen och hävdar att den är ogynnsam för landet.
Konflikten går tillbaka till 1991, när båda länderna förklarade sig självständiga från Jugoslavien. Tvisten gäller en smal landremsa på halvön Istrien och Sloveniens krav på en egen havskorridor ut till internationellt vatten.